ANF -TAI-ME-3D - Techniques de modélisation et d’analyse d’images 3D en microscopie électronique

• Stage
•   Actions nationales
•   Techniques spécifiques

Objectifs

Pour les personnes souhaitant traiter des piles d'images de microscopie électronique 3D issues des techniques de Serial block-face, Array tomography ou FIB, principalement en sciences de la vie :

• Acquérir les compétences pratiques pour les différentes étapes de traitement d’images en microscopie électronique 3D : pré-traitement / segmentation / modélisation 3D / quantification
• Savoir utiliser les logiciels sélectionnés par le groupe de travail « Traitement et analyse d’images 3D en microscopie électronique » du réseau RIME pour effectuer ces traitements et ces analyses d’images (ImageJ, IMOD, Ilastik, DragonFly, Paraview)

à l’issue de la formation les stagiaires seront capables de :
• Faire toutes les étapes du traitement de piles d'images : pré-traitement et alignement, segmentation (manuelle ou via machine / deep-learning), modélisation 3D, animation et quantifications.
• Connaître les fonctionnalités, les limites et les contraintes inhérentes aux différents logiciels sélectionnés et choisir les outils les plus appropriés selon les données à segmenter. Ils seront également en mesure de déterminer l’interopérabilité entre les logiciels, c’est-à-dire, les possibilités (et parfois difficultés) d’import/export des données segmentées ou modélisées.

Public

Chercheurs, ingénieurs et techniciens de plateformes d’imagerie ou d’équipes de recherche

Pré-requis

Avoir des connaissances en microscopie électronique en biologie, et une première expérience en traitement d’image (ImageJ, manipulation de stacks)

Programme

- Jour 1 : Prétraitement avec ImageJ, alignement avec IMOD
- Jours 2 et 3 : Segmentation avec IMOD et Ilastik
- Jours 3 et 4 : Segmentation / machine-learning avec Dragonfly
- Jours 4 et 5 : Rendu 3D avec DragonFly et Paraview


Intervenants
Lucien Daunas (CNRS, Montpellier)
Catherine Durieu (CNRS, Paris)
Arnold Fertin (CNRS, Grenoble)
Manuel Majrouh (Institut Pasteur, Paris)
François Orange (Université Côte d’Azur, Nice)
Karin Pernet Gallay (INSERM, Grenoble)
Sandra Sara (Synchrotron Soleil)
Michaël Trichet (CNRS, Paris)

Organisée par le groupe de travail “Analyse d’image 3D” du RIME avec le soutien du CNRS, de la Société Française des Microscopies (SFµ) et de France-BioImaging.

Méthodes pédagogiques

La formation se déroulera sous forme de cours pléniers et d’ateliers pratiques réalisés en binômes sur des ordinateurs préalablement équipés avec les logiciels nécessaires. Les cours et ateliers seront animés par des membres du groupe de travail qui alterneront entre des présentations des différents logiciels et l’accompagnement des participants dans la réalisation d’exercices préparés en amont.
A l’issue de la formation chaque participant sera en mesure d’utiliser et à mettre en pratique les outils de traitement d’image et de choisir les méthodes les plus appropriées à leur problématique.