Introduction à l’utilisation du logiciel QuPath

• Stage
•   Actions régionales
•   Techniques spécifiques

Objectifs

QuPath : un logiciel d’analyse d’images tourné vers la classification de pixel (très adapté pour analyse d’images pyramidales, mais pas uniquement), utilisation de notions de langage de programmation pour l’export des données (pas de nécessité de connaître de langage) mais notions en analyse d’images essentielles.

Pré-requis

prérequis minimum : base de l’analyse d’images de la session 2

Programme

J1 :
1 Première utilisation :
• Projet
• Propriétés des images
• Canaux
• Luminosité / Contraste / Gamma
• Déconvolution des couleurs
• Vue multi-niveaux

2 Annotations :
• Manuel
• Menu d’annotation
• Menu d’édition
• Parenté et hiérarchie

3 Classification des pixels :
• Seuil automatique
• Apprentissage automatique

4 Segmentation des noyaux / cellules :
• Détection des cellules
• Stardist
• Détection sous-cellulaire

J2 :

1 Rappels de la journée précédente :
• Création d’objets :
• Seuil automatique
• Apprentissage automatique
• Détection des cellules
• Stardist

2 Mesures :
• Intensité
• Morphologie
• Énumération / ratio
• Distances
• Carte de mesures

3 Classification d’objets :
• Création
• Classifieur unique
• Classifieur composite
• Classifieur avec apprentissage automatique

4 Script et workflow :
• Automatisation
• Éditeur de scripts
• Interpréteur de scripts
• Exécution pour projet