Analyse d'images automatique avec Image J / Fiji /Cell Profiler

• Stage
•   Actions régionales
•   Techniques spécifiques
•    BRAU Frédéric , SCHAUB Sébastien , ABELANET Sophie

Objectifs

• Programmation de macro-fonctions : Notions d’algorithmique, variables, opérateurs, bibliothèque de Macro-fonctions
• Cell Profiler : un logiciel d’analyse d’images tourné vers l’analyse haut débit

Programme

Jour 1 : Notions de programmation

Notions d’algorithmique et de programmation
Variables, tableaux
Structures répétitives et conditionnelles
Syntaxe, concaténation, passage de paramètres
Exercices de programmation en langage de macro-commande
Built-in Macro Functions ImageJ
Automatisation d’un cas pratique

Jour 2 : Cell Profiler

* Rappels et Évaluation
* Cell Profiler :
* Création d’un projet et gestion des fichiers images
* Création d’un pipeline de traitement des images
* Exportation des données

* Étude du cas pratique J1 et autres cas « standard » traités par Cell Profiler