Principes de base de l'analyse d'images avec Image J / Fiji

• Stage
•   Actions régionales
•   Techniques spécifiques
•    BRAU Frédéric , SCHAUB Sébastien

Objectifs

• Amélioration de l’image : corrections de fond, recalages, dynamique
• Filtrage : Convolutions (domaine spatial), Fourrier (domaine fréquentiel)
• Segmentation, seuillage, génération de masques…
• Opérateurs de morphologie mathématique, arithmétique de l’image
• Automatisations simples : module de Batch, enregistrement de macros

Programme

Jour 1 : Filtrage & Segmentation

* Accueil - Rappels & Évaluation
* C1 : Corrections et Filtrage
* C2 : Segmentation, étiquetage, mesures

* C3 : Morpho-mathématiques
* Analyse de cas pratiques en groupes.

Jour 2 : Analyse de cas pratiques

* Rappels & Évaluation
* C4 : Filtrage de Fourrier
* Analyse de cas pratiques en groupes : restitution
* C5 : Démarche d’automatisation simple ImageJ/Fiji et avec OMERO
* Automatisation des cas pratiques avec les outils de « batch »