Edition et manipulation d’images multidimensionnelles avec ImageJ / Fiji et OMERO

• Stage
•   Actions régionales
•   Techniques spécifiques
•    BRAU Frédéric , ABELANET Sophie

Objectifs

Acquérir les concepts et les méthodes actuelles de l’édition et manipulation d’image grâce à différents outils.

Public

Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens du secteur public.

Programme

• Philosophie d’ImageJ / Fiji, mises à jour, etc
• L’importation et la manipulation de séries multidimensionnelles (XYZ, XYZt, XYZl)
• Dimensionnement, échelles
• Dynamique, tables de couleur, ajustements de contraste, histogramme
• Les outils de mesures : profils 2D, 3D, intensités, longueurs…
• Opérations mathématiques entre images
• Ajouter des fonctionnalités : les plugins
• Présentation d’Omero et du projet UCA
• Importation et manipulation de séries multidimensionnelles (XYZ, XYZt, XYZl)
• Dimensionnement, échelles
• Dynamique, tables de couleur, ajustements de contraste, histogramme
• Outils de mesure : intensités, longueurs
• Mise en forme de compte-rendu visuels
• Fonctionnalités (pouvant être incrémentées) : scripts disponibles et utilisation

Interfaçage OMERO avec ImageJ/Fiji

Méthodes pédagogiques

Alternance de cours et de travaux pratiques.